Die "Velokonferenz Schweiz, Conférence Vélo Suisse, Conferenza Bici Svizzera" ist als nicht gewinnorientierter Verein gemäss ZGB organisiert. Die Vereinsorgane der Velokonferenz Schweiz sind die Mitgliederversammlung, der Vorstand und die Revissionsstelle. Zur Erfüllung des Vereinswecks führt die Velokonferenz Schweiz eine Geschäftsstelle. Die Vereinsmitglieder gestalten die Aktivitäten im Vorstand, in Themen bezogenen Arbeitsgruppen und an der Mitgliederversammlung mit.
Der Vorstand strukturiert seine Arbeit mit folgenden Themen:
Planung, Bau und Betrieb
Verkehrssicherheit, Recht und Forschung
Kommunikation und Veranstaltungen
Marketing und Netzwerk
Finanzen
Freizeit und Tourismus